brainvisa

A new update of BrainVISA, version 4.6.1 has been released on the I2BM network. It contains mainly bug fixes.

It is also available on the brainvisa website http://brainvisa.info.

A new version of BrainVISA 4.6.0 (also containing Anatomist, Morphologist and the new toolbox Primatologist) has been released.

It is available on the brainvisa website http://brainvisa.info.

If some toolbox developers think their toolbox is not ready for a release, and should be excluded from the main release at first, this is the time to tell us...
Denis

The new release 4.5.0 of BrainVisa / Anatomist is available.
See the changelog for more information.
Or go to the download section to try it.
The web site has also been redesigned...

29/07/2015

Les nouvelles branches ont été faites. Les nouvelles branches "stabilisées" (bug_fix) seront la base de la future release 4.5 de brainvisa, avec le contenu des branches trunk actuelles. Les branches trunk seront pour les choses nouvelles, qui arriveront ensuite.
Il est donc demandé aux développeurs de basculer sur les versions "bug_fix" des sources, et de finaliser les choses en cours pour cette nouvelle version.
Pour se brancher sur la version bug_fix, si vous êtes actuellement sur la trunk, il suffit a priori d'éditer le fichier

~/.brainvisa/bv_maker.cfg

Dans la section

[ source ... ]

remplacer, ou ajouter, si ce n'est déjà le cas, les sources en version bug_fix, par ex:

+ standard bug_fix

Dans la section

[ build ... ]

remplacer "trunk" par "bug_fix", par ex:

standard bug_fix /home/dugenou/mes_sources_brainvisa

Il est aussi évidemment possible d'ajouter un arbre "build" bug_fix en laissant l'arbre trunk actif (il y aura alors 2 compilations, ce sera juste plus long).
Voir la syntaxe de bv_maker.cfg pour les détails.

Si vous avez des modifications en cours non soumises sur les branches trunk

• Garder les sources trunk dans votre config
• soumettre les modifs dans trunk
• il est tout à fait possible de reporter les modifs sur les nouvelles branches bug_fix. Il faut connaître un peu, le mieux est de nous contacter pour ça.
• basculer ensuite sur les branches bug_fix, et continuer le travail

Nous effectuons aujourd'hui des créations de nouvelles branches dans les différents projets et au changement de versions ce ces branches (y compris trunk), en vue de la future release 4.5. Certaines instabilités peuvent apparaître pendant cette opération.
Nous vous conseillons de ne pas mettre à jour les sources aujourd'hui.
Merci.

(message written in french, sorry...)

Pour ceux qui compilent les sources de l'environnement brainvisa en utilisant bv_maker, des changements viennent d'être introduits qui nécessitent quelques opérations manuelles.

Ce qui change:
- le système de sources peut maintenant utiliser des projets en svn sur le dépôt bioproj brainvisa (comme avant), mais aussi sur d'autres dépôts (comme celuit du projet capsul), et également des projets sous git.
- nous avons basculé le projet soma-workflow sur la version git (https://github.com/neurospin/soma-workflow)
- le projet capsul est intégré aux sources de la branche trunk. Attention ce projet est sur un dépôt séparé (bien que restant dans bioproj), et il faut que vous ayez les droits d'accès. Ce n'est pas automatique (voir troubleshooting, plus bas)
- nous étrennons un nouvelle façon de gérer les branches bug_fix, pour le moment sur le projet brainvisa-cmake (qui contient bv_maker). Elle permettra de rendre plus transparents les changements de version des projets à l'avenir, puisque le chemin des sources de la dernière branche bug_fix ne changera plus avec la version.
- des petits changements de syntaxe du fichier bv_maker.cfg ont entraîné un petit effet de bord: les lignes "+ quelquechose" semblent désormais avoir besoin de l'espace entre "+" et "quelquechose":

+/titi/toto/tutu

doit être remplacé par:

+ /titi/toto/tutu

Ce qu'il faut faire:
- s'assurer que git est installé sur votre machine
- récupérer la nouvelle version du projet brainvisa-cmake:
cd <source_tree>
svn up devalopment/brainvisa-cmake/trunk
- la configurer et l'installer dans l'arbre de compilation de la branche trunk:

  cd <build_tree_trunk>
  cd build_files/brainvisa-cmake
  cmake . && make install

- effacer ou déplacer les anciens sources de soma-workflow sous svn pour laisser la place aux sources git:

rm -rf <source_tree>/soma/soma-workflow/trunk

- utiliser le nouveau bv_maker pour récupérer les nouveaux sources:

<build_tree_trunk>/bin/bv_maker sources

Normalement après cette étape on doit voir dans <source_tree>/soma-workflow/trunk les nouveaux sources, sous git (il y a un dossier .git dans le répertoire, là où il y avait un .svn avant).
Si vous avez les sources des branches bug_fix, on doit aussi voir, pour brainvisa-cmake, une nouvelle branche "bug_fix" au même niveau que trunk, là où il y avait branches/1.3 avant: <source_tree>/development/brainvisa-cmake/bug_fix
- si vous compilez une branche bug_fix, effacer l'ancien arbre de compilation de brainvisa-cmake:

rm -rf <build_tree_bug_fix>/build_files/brainvisa-cmake

- relancer la configuration et compilation en utilisant le nouveau bv_maker:

<build_tree_trunk>/bin/bv_maker configure build

- si vous avez les sources des branches bug_fix: effacer les anciennes branches de brainvisa-cmake:

rm -rf <source_tree>/development/brainvisa-cmake/branches

Troubleshooting:

• L'accès au projet capsul doit être donné aux utilisateurs un par un: ce projet est sorti de l'environnement brainvisa, on ne peut donc pas donner accès facilement à ses sources d'un coup à tous les membres du projet brainvisa. Nous le faisons donc plus ou moins à la demande. Si vous avez une erreur d'accès, il faudra nous demander de vous ajouter à ce projet.

• Si vous n'avez pas effacé les anciens sources de soma-workflow avant la mise à jour des sources, cette mise à jour va probablement échouer avec l'erreur suivante:

git clone https://github.com/neurospin/soma-workflow.git /neurospin/brainvisa/sources/soma/soma-workflow/trunk
fatal: destination path '/neurospin/brainvisa/sources/soma/soma-workflow/trunk' already exists and is not an empty directory.
Traceback (most recent call last):
  File "/neurospin/brainvisa/build/Ubuntu-12.04-x86_64/trunk/bin/bv_maker", line 801, in <module>
    f()
  File "/neurospin/brainvisa/build/Ubuntu-12.04-x86_64/trunk/bin/bv_maker", line 289, in __call__
    o.process()
  File "/neurospin/brainvisa/build/Ubuntu-12.04-x86_64/trunk/bin/bv_maker", line 517, in process
    self.gitupdate(url, dest_path, git_tag)
  File "/neurospin/brainvisa/build/Ubuntu-12.04-x86_64/trunk/bin/bv_maker", line 563, in gitupdate
    system(*['git', 'clone', src, dest], cwd=dest)
  File "/neurospin/brainvisa/build/Ubuntu-12.04-x86_64/trunk/bin/bv_maker", line 64, in system
    raise OSError( 'Command failed: %s' % ' '.join( ( repr(i) for i in args ) ) )
OSError: Command failed: 'git' 'clone' 'https://github.com/neurospin/soma-workflow.git' '/neurospin/brainvisa/sources/soma/soma-workflow/trunk'

il faudra donc effacer les anciens sources de soma-workflow.

• Si vous n'avez pas effacé l'ancien brainvisa-cmake de l'arbre de compilation de la branche bug_fix, la configuration va sans doute échouer parce qu'il y aura une incohérence de version entre les sources et ce qui est configuré. Il faut donc effacer <build_tree_bug_fix>/build_files/brainvisa-cmake avant de reconfigurer.

Voilà ça fait un peu de travail mais les changements visent justement à faciliter les évolutions futures, en particulier les changements de versions qui devraient se faire à terme sans intervention manuelle.

BrainVisa 4.4.0 has been officially released.
see http://brainvisa.info for more information.

New svn branches have been created for the upcoming brainvisa 4.4 release, for most of the projects: the trunk branches have thus changed version for those projects (for instance: aims, anatomist, axon: version 4.5). The bug_fix branches should switch to the new branches (aims, anatomist, axon: version 4.4). Older branches are now obsolete.

bv_maker may have to be run several times (normally twice) before all changes are taken into account to completely build the new branches.

The final release of BrainVisa 4.4 should take place after a stabilization period of these new branches, by the end of september or the beginning of october 2013.

As build-config usage is now deprecated, some changes have been made in I2bm configuration files (/i2bm/brainvisa/etc/bashrc and profile) that are used to setup Brainvisa development environment.

The function i2bm_build_projects is not available anymore because this function used build-config to build Brainvisa projects. You should now use bv_maker. See https://bioproj.extra.cea.fr/redmine/projects/brainvisa-devel/wiki/How_to_compile_BrainVISA_projects in brainvisa-development wiki for more information.

The function i2bm_setup_repository can still be used but without parameters. BRAINVISA_BUILD environment variable should be defined and the build directory must be compiled with bv_maker.
This is not mandatory to use this function, you can use directory the bv_env.sh script of your build directory to setup your environment variables this way:

. <build_directory>/bin/bv_env.sh <build_directory>

If you don't use i2bm_setup_repository, you will need to call i2bm_setup_devel to add the paths to python and other librairies and tools that are needed for development to your environment variables.