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BioProj: Mise à jour majeure de la plateforme BIOPROJ

Added by Admin, BIOPROJ over 3 years ago

La mise à jour de BIOPROJ effectuée le 28/12/2020 permet de maintenir beaucoup plus facilement la plateforme (utilisation de conteneurs docker pour redmine, nextcloud et onlyoffice).

Cela a nécessité de retirer les plugins REDMINE incompatibles avec la dernière version pour revenir à une version beaucoup plus "standard". Bien que cela apporte une meilleure stabilité et la possibilité de pouvoir effectuer les mises à jour de façon plus régulière, cela a aussi entrainé la disparition de certaines fonctionnalités qui, pour la plupart, sont devenues inutiles du fait de la mise à disposition de Nextcloud (partage de fichiers et édition en ligne).

La migration entamée depuis quelques mois concernant l'arrêt des projets de type SYNAPSE est donc maintenant terminée et REDMINE est maintenant configuré pour être utilisé exclusivement pour des projets de développement logiciel.

Quelques nouvelles fonctionnalités ont été apportées:
  • Il est maintenant possible, pour toute personne ayant le rôle MANAGER dans un projet, de créer plusieurs dépôts de type GIT ou SUBVERSION
  • La création de page Wiki s'effectue via les menus et la page "SideBar" est maintenant inutile. Il est donc conseillée de la supprimer (ce qui n'a pas été effectuée automatiquement lors de la migration)
  • L'activation du plugin "BIOPROJ extensions" permet de définir des onglets supplémentaires servant de raccourci vers des pages wiki

Malgré tous les tests que nous avons effectués, il est possible que vous rencontriez un problème. Dans ce cas, envoyez-nous un email à en précisant quelles sont les opérations à effectuer pour reproduire le problème et nous le corrigerons immédiatement.

Bonne fin de journée et, avec un peu d'avance, bonne année 2021 !!

L'équipe support de BIOPROJ
CEA/DRF/JOLIOT/GIPSI

BioProj: Arrêt des projets de type SYNAPSE

Added by Admin, BIOPROJ about 4 years ago

Depuis le 01/03/2020, les nouveaux projets sur BIOPROJ seront EXCLUSIVEMENT dédiés au développement logiciel. Les fonctionnalités des projets de type SYNAPSE (partage de fichiers) seront maintenant prises en charge via Nextcloud...

Mise à jour:
  • 23/11/2020: Suppression du plugin FAQ (utilisé dans aucun projet)
  • 24/22/2020: Suppression des plugins GRAPHS, PUBLISHING, MEETINGS, XAPIAN (indexation full-text)

Pourquoi ?

BIOPROJ est basé sur l'application REDMINE, projet open source développé par Jean-Philippe Lang, sur lequel de nombreuses modifications ont été effectuées par le GIPSI afin d'offrir des fonctionnalités de partage de fichiers. Ces modifications, mises en oeuvre par le biais de plugins, tiers et/ou développés spécifiquement par le GIPSI ainsi que par des modifications du code source de REDMINE, ont rendu BIOPROJ de plus en plus difficile à maintenir. Les fonctionnalités de partage de fichiers étant maintenant disponibles via une extension Nextcloud (https://nextcloud.com), nous avons décidé de recentrer BIOPROJ sur l'activité de développement logiciel. Cela nous permettra :
  • De s'appuyer sur les dernières version de REDMINE afin de proposer des fonctionnalités plus pertinentes pour les développeurs
  • D'être plus réactif lors de découverte de failles de sécurité
  • De faciliter les migrations futures

Que deviennent les projets existants de type SYNAPSE ?

Cela va dépendre de leur activité:
  • Les projets qui n'ont plus d'activité seront fermés et archivés prochainement
  • Les projets actifs seront encouragés à migrer vers BIOPROJ-NEXTCLOUD si cela est possible (cf conditions d'utilisation ci-dessous)

Et plus généralement ?

Certaines fonctionnalités (peu utilisées) seront retirées progressivement afin de permettre une mise à jour de BIOPROJ. En particulier:
  • Indexation "full-text" des fichiers déposés (retiré le 24/11/2020)
  • Accès webdav
  • Visio-conférence (déjà retirée depuis novembre 2019)
  • Certains graphes dans le reporting des demandes (retiré le 24/11/2020)
  • Export PDF de pages Wiki
  • module de gestion des FAQs (retiré le 23/11/2020)
  • publication HTML (retiré le 24/11/2020)

Quelles sont les fonctionnalités de BIOPROJ-NEXTCLOUD ?

Nextcloud est très similaire aux outils type DropBox, Google Drive, etc...
Les principales fonctionnalités de Bioproj-Nextcloud sont:
- Mise à disposition d'un espace personnel d'une capacité de 100Go, que vous gérez comme vous le souhaitez
- Partage de fichiers et/ou de répertoires avec des utilisateurs déjà connus ou avec des utilisateurs que vous invitez
- Les utilisateurs invités ne peuvent interagir qu'avec les fichiers/répertoires qui sont partagés avec eux (ils n'ont pas d'espace propre)
- Gestion des droits sur les fichiers/répertoires selon les personnes qui y ont accès
- Gestion de groupes d'utilisateurs ("cercles")
- Gestion d'agenda partagé
- Possibilité d'installer une application de synchronisation automatique sur Windows/Mac/Linux/Android/IOS (attention: ce type de fonctionnalité est interdit sur les ordinateurs CEA !!!)
- Possibilité d'édition collaborative temps-réel des documents Microsoft Office

Pour des informations détaillées, vous pouvez consulter le site https://nextcloud.com

Condition d'utilisation de BIOPROJ-NEXTCLOUD ?

  • Toutes les personnes de l'institut CEA/DRF/JOLIOT ont un accès à Bioproj-Nextcloud en utilisant leur adresse email CEA.
  • Pour les autres personnes du CEA/DRF, il est possible d'avoir un accès en faisant une demande au GIPSI (mailto:).
  • Seuls les comptes associés à une adresse email CEA peuvent avoir accès à un espace personnel sur BIOPROJ-NEXTCLOUD
  • Votre espace sera supprimé 1 mois après votre départ du CEA

brainvisa: about to release

Added by Riviere, Denis over 6 years ago

If some toolbox developers think their toolbox is not ready for a release, and should be excluded from the main release at first, this is the time to tell us...
Denis

brainvisa-axon: Database QC table

Added by Riviere, Denis over 6 years ago

A new process has been added (in axon 4.6), which may be useful for pipeline developers: database_qc_table, in the builtin data management toolbox.

It builds a table with all present and absent data for a set of data types / filters, so that users can see with a single glance if all their data have been processed. The process also gives access to viewers to inspect data.

The generic database_qc_table can be easlily used by more specialized QC processes, typically dedicated to a specific pipeline.

See for instance morphologist_qc_table in Morphologist, or freesurfer_qc_table in the Freesurfer toolbox. Other toolboxes / pipelines may benefit from such a table, with a similar look and UI for all.

Note: the process is new, so may still contain bugs...

brainvisa: Changements de branches - 2e

Added by Riviere, Denis almost 9 years ago

29/07/2015

Les nouvelles branches ont été faites. Les nouvelles branches "stabilisées" (bug_fix) seront la base de la future release 4.5 de brainvisa, avec le contenu des branches trunk actuelles. Les branches trunk seront pour les choses nouvelles, qui arriveront ensuite.
Il est donc demandé aux développeurs de basculer sur les versions "bug_fix" des sources, et de finaliser les choses en cours pour cette nouvelle version.
Pour se brancher sur la version bug_fix, si vous êtes actuellement sur la trunk, il suffit a priori d'éditer le fichier 

~/.brainvisa/bv_maker.cfg

Dans la section 
[ source ... ]

remplacer, ou ajouter, si ce n'est déjà le cas, les sources en version bug_fix, par ex:
+ standard bug_fix

Dans la section 
[ build ... ]

remplacer "trunk" par "bug_fix", par ex:
standard bug_fix /home/dugenou/mes_sources_brainvisa

Il est aussi évidemment possible d'ajouter un arbre "build" bug_fix en laissant l'arbre trunk actif (il y aura alors 2 compilations, ce sera juste plus long).
Voir la syntaxe de bv_maker.cfg pour les détails.

Si vous avez des modifications en cours non soumises sur les branches trunk

  • Garder les sources trunk dans votre config
  • soumettre les modifs dans trunk
  • il est tout à fait possible de reporter les modifs sur les nouvelles branches bug_fix. Il faut connaître un peu, le mieux est de nous contacter pour ça.
  • basculer ensuite sur les branches bug_fix, et continuer le travail

brainvisa: Changements de branches

Added by Riviere, Denis almost 9 years ago

Nous effectuons aujourd'hui des créations de nouvelles branches dans les différents projets et au changement de versions ce ces branches (y compris trunk), en vue de la future release 4.5. Certaines instabilités peuvent apparaître pendant cette opération.
Nous vous conseillons de ne pas mettre à jour les sources aujourd'hui.
Merci.

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